Płatnicy podatku VAT muszą pamiętać, że samo wystawienie faktury powoduje powstanie obowiązku podatkowego.
To znaczy, że jeśli istnieje faktura, na której wykazano podatek należny, Urząd Skarbowy nie ma obowiązku badać, czy doszła do skutku opisana w dokumencie transakcja. Jeśli zaś ujęto w nim VAT w kwocie wyższej, niż to wynika z przepisów ustawy, podatnik obowiązany jest zapłacić tyle, ile wykazał na fakturze.
Jeśli kontrola fiskalna znajdzie u nas dwie faktury dla tego samego kontrahenta, na ten sam towar, z dwiema różnymi stawkami podatku – próżno będziemy się tłumaczyć, że jedna z nich była wystawiona omyłkowo. Podatek trzeba będzie zapłacić w wysokości sumy vatu z obu faktur.
Taki problem miała, między innymi, podatniczka, eksportująca towary, a więc stosująca przy ich sprzedaży stawkę zerową. Poza fakturami, oddawanymi kontrahentom, dla potrzeb ewidencji wewnętrznej, drukowała "dodatkowe" rachunki, z podatkiem wykazanym w tej wysokości, jaki obowiązywał by ją przy sprzedaży na rynku krajowym. Przeprowadzający kontrolę uznali, że sam fakt istnienia faktur zobowiązuje podatnika do zapłaty wykazanego w nich podatku. Nieistotne przy tym było, że "zdublowane" dokumenty opiewały na te same kwoty, co faktury właściwe, że podatniczka nie dysponowała takimi ilościami towaru, żeby przeprowadzić dwukrotnie te same transakcje ani że kopie faktur z wykazanym VATem nie trafiły do kupującego.