Bardzo niepokojący jest fakt uchybień związany z ujawnionym przez Komisję Europejską raportem dot. sposobu wydatkowania przyznanych Polsce środków unijnych, zwłaszcza w zakresie inwestycji transportowych oraz ochrony środowiska jak również inwestycji infrastrukturalnych. Obecnie największy problem, z jakim borykają się firmy jest kwestia przeciągania inwestycji, m.in. przez brak opinii oddziaływania inwestycji na środowisko, wydawanej m.in. przez Ministerstwo środowiska. Niestety dokładne procedury związane z przeprowadzeniem przedmiotowej procedury są bardzo skąplikowane i z powodu braku dokładnych unormowań prawnych trudne do przeprowadzenia i wyegzekwowania. Niestety procedura oddziaływania na środowisko i wszystkie z nią związane opinie są niezbędne, aby uzyskać pozwolenie na budowę, a tym samym, aby uzyskać wsparcie z Unii Europejskiej. Wielokrotnie dokumentacja oceny oddziaływania na środowisko okazywała się kluczowa podczas cyklu aplikacyjnego zmuszając wielu Beneficjentów do rezygnacji
z dofinansowania z powodu niedotrzymania terminów przeprowadzenia przedmiotowych oddziaływań i uzyskania odpowiednich zaświadczeń zarówno z urzędów właściwych dla danej inwestycji jak i z urzędów odpowiadających z obszary Natura 2000. Konieczność uzyskania decyzji środowiskowych w projektach europejskich a zwłaszcza w Funduszach Spójności związana jest z bardzo długą procedurą weryfikacyjną, która niejednokrotnie nie zależy wyłącznie od opinii Ministerstwa środowiska. Niezbędne i bardzo istotne są wytyczne oraz stawiane warunki, które beneficjenci musi spełnić, aby otrzymać finansowanie z Unii Europejskiej. Dla wielu przedsiębiorców oraz organów aplikujących o środki europejskie wypełnienie i spełnienie wymagań środowiskowych jest niezwykle trudne i warto pamiętać, że jest to bardzo ciężka i wymagająca cierpliwości droga. Aby przyśpieszyć wszelkie procedury oraz zminimalizować problemy związane środowiskowych przeprowadzeniem procedur środowiskowych MRR podjęło w tym zakresie działania polegające na stałej
współpracy instytucjami zaangażowanymi instytucjami w zakresie weryfikacji przekazywanej do KE dokumentacji. Przyspieszeniu procesu wypełniania warunków szczególnych służą także organizowane we współpracy z instytucjami, w tym Mś, spotkania z przedstawicielami KE poświęcone wyjaśnieniu spornych kwestii.
